Sesuai dengan unsur misi gereja GKY yaitu misi dalam bakti sosial, GKY Pluit juga memiliki misi untuk menjadi saluran kasih bagi jemaat dan orang-orang yang membutuhkan. Gereja ada tidak hanya untuk melayani ke dalam tetapi juga ke luar. Pelayanan ini bertujuan untuk menunjukkan kasih Kristus di dunia ini.

Di Diakonia, kami melayani orang sakit dan berduka. Selain itu, kami melakukan panti jompo dan panti asuhan untuk memberikan kebahagiaan bagi mereka. Kami juga terlibat dengan keluarga kami melalui teknologi panggilan video atau mengunjungi rumah mereka. Apalagi di masa pandemi tahun 2020 hingga 2022, para lansia tidak bisa datang ke gereja, dan tim Diakonia hadir untuk menghibur dan menghubungi mereka.